Kementerian Perhubungan melalui Keputusan Menteri Perhubungan Republik Indonesia Nomor KP 853 telah melakukan penyesuaian Biaya Pelayanan Jasa Navigasi Penerbangan. Penyesuaian tersebut dilakukan bertahap dalam rangka meningkatkan pelayanan jasa navigasi penerbangan dengan tetap berdasarkan ketentuan internasional dan prinsip cost recovery. Penyesuaian biaya PJNP ini merupakan bentuk dukungan finansial bagi AirNav Indonesia untuk memenuhi kewajiban serta mengutamakan dan senantiasa meningkatkan pelayanan navigasi penerbangan bagi para penggunanya.

Persetujuan penyesuaian biaya ini telah mempertimbangkan masukan-masukan dari pengguna jasa di mana penyesuaiannya dilakukan secara bertahap. Penyesuaian biaya telah melalui proses dan mekanisme sesuai dengan ketentuan perundang-undangan yang tercantum dalam Peraturan Menteri Perhubungan Republik Indonesia Nomor PM 17 Tahun 2014 tentang Formulasi dan Mekanisme Penetapan Biaya Pelayanan Jasa Navigasi Penerbangan sebagaimana diubah terakhir dengan Peraturan Menteri Perhubungan Republik Indonesia Nomor PM 103 Tahun 2015.

Proses dan mekanisme yang dimaksud adalah konsultasi dengan pengguna jasa, telaah dampak usulan penyesuaian biaya, serta evaluasi teknis dan keuangan (cost recovery).  Selain itu, AirNav dan INACA juga telah menetapkan suatu Service Level Agreement (SLA) dalam bentuk komitmen peningkatan pelayanan navigasi penerbangan.
Beberapa upaya yang tengah dilakukan Perum LPPNPI selaku penyelenggara pelayanan navigasi penerbangan di Indonesia dalam hal peningkatan kinerja pelayanan di antaranya adalah peningkatan kapasitas runway, peningkatan penggunaan instrument flight procedure, dan pembentukan unit ATFM dan penggunaan aplikasi Slot Management (Chronos). Juga melakukan peningkatan status pelayanan dari AFIS menjadi Tower, penambahan jam operasional pelayanan, pemasangan dan penggantian fasilitas navigasi penerbangan, pengadaan dan peremajaan electrical and mechanical support, serta pembangunan tower baru.

Atas dasar pertimbangan-pertimbangan tersebut, Kementerian Perhubungan,  menyetujui usulan penyesuaian biaya PJNP en-route domestik dari Rp 3.000,- secara bertahap menjadi Rp 4.000,- per route unit dimulai pada 23 Juni 2018. Kemudian mulai 21 September 2018 menjadi Rp 5.000,- , mulai 20 Desember 2018 menjadi Rp 6.000,- dan mulai 1 Januari 2019 menjadi Rp 7.000,- .

Tarif kenaikan ini masih di bawah besaran tarif PJNP untuk penerbangan en-route internasional yaitu $ 0.65 (enam puluh lima sen dollar) atau sekitar Rp 9.000,- dengan nilai kurs dollar sebesar Rp 13.850,-.